ปัจจุบัน วัดท่าตอนเป็นพระอารามหลวง ชั้นตรี ชนิดสามัญ ได้รับการยกฐานะจากวัดราษฎร์เป็นพระอารามหลวง เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2534 ตั้งอยู่บนยอดเขาต่อเนื่องหลายลูก บนเนื้อที่ 425 ไร่ 2 งาน 95 ตารางวา แยกเป็นพื้นที่ตั้งวัดชั้นล่าง 45 ไร่ 2 งาน 28 ตารางวา และเป็นเขตอุทยานพุทธศาสนาและสำนักปฏิบัติธรรม 380 ไร่ 67 ตารางวา พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นภูเขาลาดชัน มีที่ราบริมแม่น้ำกก บริเวณหน้า มหาโพธิสัตว์กวนอิม และบริเวณลานวัด ซึ่งพระเจดีย์ประดิษฐานอยู่ เขตวัดทิศเหนือ จดแม่น้ำกก และไร่นาของชาวบ้าน ทิศตะวันออกและทิศใต้ จดเขตบ้านหลายหลัง และทิศตะวันตกจดป่าสงวนแห่งชาติ
วัดท่าตอน เป็นวัดร้างมานานหลายร้อยปี มีพระเจดีย์เก่าชำรุดอยู่หนึ่งองค์ ล้อมรอบด้วยป่าหนาทึบ ไม่ปรากฏหลักฐานว่าสร้างในสมัยใด ตามตำนานสุวรรณดำแดงกล่าวว่า กลุ่มคนไทยที่อพยพเข้ามาอยู่ตอนกลางของเชียงใหม่ ประมาณหลังปี พ.ศ. 1700 นั้น เป็นผู้นับถือพุทธศาสนา นักประวัติศาสตร์หลายท่านได้มีความเห็นว่า บริเวณลุ่มน้ำต่างๆ เช่น แม่น้ำกก เป็นที่ตั้งของชุมชน ที่มีวัฒนธรรมอยู่มาก่อน ก่อนที่จะสร้างเมืองเชียงใหม่ ในปี พ.ศ. 1839 ห่างจากวัดท่าตอนไปทางทิศตะวันออกประมาณ 6 กิโลเมตร เป็นที่ตั้งของเมืองเก่า ชื่อ เวียงแข่ ยังคงมีคูเมืองปรากฏอยู่ เป็นเมืองที่เจริญรุ่งเรืองในสมัยใดนั้น ไม่เป็นที่ปรากฏหลักฐาน จากการค้นคว้าคำจารึกในฐานพระพุทธรูปเก่าที่สุดที่พบในเขตอำเภอแม่อาย (วัดศรีบุญเรือง) จุลศักราช 221 (พ.ศ. 1403 ) พระพุทธรูปทองสัมฤทธิ์โบราณที่พบตามวัดร้างในท้องนาและริมแม่น้ำฝาง ซึ่งวัดต่างๆ ในท้องที่เก็บรักษาไว้ บางส่วนขนย้ายไปจังหวัดเชียงราย (วัดมุงเมือง) และส่วนกลาง ( พ.ศ. 2424 คาร์ล บ็อค มาสำรวจเมืองฝางขนไปบ้าง ) แสดงให้เห็นถึงร่องรอยแห่งความเจริญรุ่งเรืองที่ผ่านมาหลายศตวรรษของถิ่นนี้ในอดีต แม้ในจุลศักราช 636 (พ.ศ. 1818) พระยามังรายเสด็จมาเสวยราชสมบัติในเมืองฝาง ก็มิได้ปรากฏว่าพระองค์สร้างเมืองขึ้นใหม่ ฝางและอำเภอใกล้เคียง (เวียงไชย เวียงแข่ เมืองงาม เป็นต้น) คงเป็นเมืองที่มีความเจริญรุ่งเรืองมาก่อนแล้ว ในตำนานเมืองเหนือ กล่าวว่า " อันเมืองฝางนั้น เป็นเมืองที่สร้างมาแต่โบราณกาลแล้ว หากจะพูดตามตำนาน ก็สร้างมาแต่สมัยพระเจ้าลวะจังกราชปฐมกษัตริย์ราชวงศ์ลาวจก และต่อมาในสมัยพระเจ้ามังราย บ้านเมืองเดิมก็คงชำรุดทรุดโทรมไปตามกาลเวลา แต่ด้วยเป็นที่อุดมสมบูรณ์ พระเจ้ามังรายจึงได้บูรณะขึ้นอีกครั้งหนึ่ง " ฯ จากการสำรวจโบราณวัตถุ และศิลปวัตถุของกรมศิลปากร พบว่า พระพุทธรูปทองสัมฤทธิ์โบราณ ซึ่งประดิษฐานอยู่ในวัดท่าตอน (ศาลาพุทธบุตรประชาสรรค์) ปางมารวิชัยประทับนั่ง 5 องค์ ปางประทับยืน 3 องค์ เป็นศิลปล้านนา เป็นพุทธศิลป์ซึ่งทรงคุณค่าในทางประวัติศาสตร์ มีอายุ 500-700 ปี มีคำจารึกที่ฐานพระพุทธรูป 2 องค์ ปางมารวิชัย ประทับนั่งองค์เล็กสุด (พระฝนแสนห่า) สร้างเมื่อจุลศักราช 910 (พ.ศ. 2092) ปางประทับยืนอุ้มบาตร บอกแต่เพียงชื่อผู้นำสร้าง และผู้ร่วมทำบุญ ไม่บอกศักราช ดังนั้น จึงสันนิษฐานว่า วัดท่าตอน ได้สร้างมาแล้วเป็นเวลาช้านานหลายร้อยปี อาจสร้างในสมัยเดียวกับที่พระเจ้าพรหมมหาราชทรงสร้างพระธาตุสบฝาง ( ประมาณหลัง พ.ศ. 1483 ) เพราะอยู่ไม่ห่างกัน (ประมาณ 5 กิโลเมตร) และตั้งอยู่บนยอดเขา ริมแม่น้ำกกเช่นเดียวกัน อีกทั้งจารึกในฐานพระพุทธรูปวัดศรีบุญเรือง ซึ่งนำมาจากวัดร้างในท้องนาบริเวณไม่ห่างจากท่าตอน ก็ใกล้เคียงสมัยพระเจ้าพรหมมหาราชมาก
เนื่องจากท่าตอนเป็นชายแดนติดต่อกับรัฐฉาน ประเทศพม่า ชาวบ้านท่าตอนในสมัยก่อนแม้กระทั่งปัจจุบัน จึงมีชาวไทยใหญ่ปะปนกับชาวพื้นเมืองมาแต่เดิม พ.ศ. 2424 คาร์ล บ็อค เดินทาง (ขี่ช้าง) มาสำรวจเมืองฝาง พบว่า " ท่าตอง (ท่าตอน) เป็นเพียงหมู่บ้านเล็กๆ มีกระท่อมรวมกันราว 12 หลังคาเรือน กระจัดกระจายไปตามริมฝั่งทั้งสองข้างของแม่น้ำกก ท่าตองเป็นหมู่บ้านเงี้ยว (ไทยใหญ่) แท้ๆ " ในปี พ.ศ. 2472 มีวัดไทยสร้างอยู่ลานว่างของหมู่บ้านตรงที่เป็นสถานีอนามัยในปัจจุบัน ในเทศกาลมีชาวไทยใหญ่จากหลายหมู่บ้านมาร่วมทำบุญด้วย และเป็นที่ครึกครื้นอยู่พักหนึ่ง และชนพื้นเมืองก็สร้างวัดที่ท้ายบ้านใต้ (ทิศตะวันออกของหมู่ 3 ) วัดทั้ง 2 วัด เมื่อครูบาแก้ว มาเริ่มบูรณะ วัดท่าตอนก็ได้ยุบไป